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二代测序检测突变负荷可准确检出错配修复蛋白缺失

发表时间:2016-05-05

    美国纪念斯隆-凯特琳癌症中心的Leonard B. Saltz等报告的一项研究表明,通过二代测序的方法检测肿瘤突变负荷可以准确检测出结直肠癌患者错配修复基因缺失,可用于林奇综合征的筛查。(J Clin Oncol. 2016年3月28日在线版)

    几乎所有或大部分结直肠癌患者都被建议进行林奇综合征的筛查,而在转移性结直肠癌中,RAS/BRAF基因测序用于指导临床治疗是非常有必要的。研究者推测一个二代测序面板可以识别RAS/BRAF基因和其他可操纵的基因突变,同样就可以根据突变负荷的增加而准确地识别带有DNA错配修复蛋白缺失(MMR-D)的肿瘤。

    从2014年3月到2015年7月,研究者通过一种二代测序方法(MSK-IMPACT)找出了所有发生基因突变的结直肠癌病例。每一例都进行了除拷贝数以外的肿瘤突变负荷的检测,并与通过常规免疫组化检测到的MMR突变状态进行了比较。

    研究者共对224例结直肠癌患者的肿瘤组织进行了MMR突变状态的常规检测和MSK-IMPACT二代测序。13%的病例(28例)在免疫组化检测中表现为MMR-D。使用含有341个基因的模板检测显示,突变数<20的193例患者100%为错配修复基因正常(MMR-P)。突变数≥20的31例患者中,28例(90%)是MMR-D。剩余的3例因突变数均>150而与MMR-D截然不同,所以很容易被识别。这些携带P286R热点POLE突变的肿瘤与超级突变表型一致。

    在MMR-D和MMR非缺陷/POLE野生型肿瘤中,中位突变数分别是50(20~90)和6(0~17)(P<0.001)。突变负荷≥20和<150作为MMR-D检测的临界值时,敏感性和特异性均是1.0(95%CI 0.93~1.0)。

    对肿瘤组织多基因二代测序分析可以建立的突变负荷临界值,是一种筛查MMR-D精确度很高的方法,同样也可用于基因分型。

    (编译 张乐 审校 巴一)