临床科室

• 胃肠肿瘤中心一病区
• 胃肠肿瘤中心二病区
• 胃肠肿瘤中心三病区
• 胃肠肿瘤中心四病区
• 肝胆胰外一科
• 胸外一科
• 肝胆胰外二科
• 胸外二科
• 乳腺癌预防治疗中心
• 妇科肿瘤科
• 头颈外科
• 骨与软组织肿瘤科
• 泌尿外科
• 乳腺肿瘤内科
• 胸部肿瘤内一科
• 胸部肿瘤内二科
• 淋巴肿瘤内科
• 消化内科
• 肾癌黑色素瘤内科
• 日间化疗病区
• 中西医结合科暨老年肿瘤科
• 康复科
• 介入治疗科
• 口腔科
• 肿瘤放疗科
• 手术室
• 重症监护病区（ICU）
• 麻醉科
• 消化专业（VIP-II）
• VIP-Ⅰ
• 移植与免疫治疗病区
• 疼痛门诊
• 肿瘤外科
• 肿瘤内科
• 心内科1
• 肿瘤中医
• 疼痛与睡眠
• 康复中医
• 职工保健
• 防癌筛查中心
• 消化科
• 姑息治疗中心

医技科室

• 医学影像科
• 检验科
• 药剂科
• 超声科
• 核医学科
• 病理科
• 信息技术服务部
• 内镜中心
• 病案统计室
• 输血科
• 营养科
• 心肺功能室
• 供应室
• 国家药物临床试验机构
• 分子诊断中心
• 伦理委员会

基础科室

• 生化与分子生物学研究室
• 病因研究室
• 遗传学研究室
• 流行病学研究室
• 分子肿瘤学研究室
• 中心实验室
• 临床实验室
• 图书馆
• 动物室
• 生物样本库
• 细胞生物学研究室
• 乳腺中心实验室
• 肿瘤生物信息中心

行政处室

• 党院办公室
• 人力资源处
• 国内合作与产业处
• 教育处
• 科研处
• 国际合作交流部
• 财务处
• 运营办公室
• 护理部
• 保卫处
• 医疗保险服务处
• 工会
• 后勤处
• 北京市肿瘤防治研究办公室
• 住出院处
• 审计室
• 离退休办公室
• 门诊部
• 感染管理与疾病预防控制科
• 癌症康复协会
• 医院感染管理科
• 监察室